ความผิดพลาดอาจเกิดได้จากการเชื่อมต่อ ให้ลองตรวจสอบการเชื่อมต่ออินเทอร์เน็ต จากนั้นจึงเชื่อมต่อโปรแกรมเข้ากับเซิร์ฟเวอร์อีกครั้ง แล้วจึงทดลองโยนไฟล์อีกครั้ง

การตั้งค่าเตือนเมื่อ Filezilla ทำการ upload หรือ download เสร็จสิ้นสามารถตั้งค่าได้โดย click ขวาที่งานที่กำลังทำอยู่แล้วเลือกไปที่ Action after queue completion แล้วเลือกรูปแบบการแจ้งเตือนว่าจะให้ส่งเสียงเตือนออกทางลำโพง , แจ้งข้อความเตือนออกทางหน้าจอ เป็นต้น

การวางไฟล์ของหน้าเว็บไซต์ไว้บนเซิร์ฟเวอร์นั้น จะขึ้นอยู่กับการกำหนดค่าของเซิร์ฟเวอร์ที่ใช้ ซึ่งสามารถสอบถามได้ที่ผู้ให้บริการเซิร์ฟเวอร์ ซึ่งโดยส่วนมากการกำหนดค่าของเซิร์ฟเวอร์จะกำหนดไว้ที่ www/htdoc โดยให้วางไฟล์หน้าแรกของเว็บไซต์ในชื่อ index.php หรือ index.html ตามแต่รูปแบบไฟล์ที่สร้าง

เราสามารถบันทึกค่าให้ Filezilla จดจำการล๊อคอินหรือบัญชี ftp ของ server ที่เราใช้อยู่ได้โดยการสร้างที่ตั้งใหม่
โดยเลือก แฟ้ม > จัดการที่อยู่

จะปรากฏหน้าต่างดังรูป

เลือก สร้างที่ตั้งใหม่ จากนั้นให้ระบุข้อมูลดังต่อไปนี้
1.เปลี่ยนชื่อ ตามที่เราต้องการให้มีชื่อเรียก
2.ค่าโฮสต์ พอร์ต ชนิดเซอร์เวอร์ logontype ผู้ใช้ รหัสผ่าน
3.กดปุ่มตกลง และทดสอบการเชื่อมต่อเซิร์ฟเวอร์ดู

ในครั้งต่อไปที่เราเรียกใช้ จะสามารถเรียกเข้า server ที่ต้องการได้เลย โดยไม่ต้องเสียเวลากรอกข้อมูลใหม่ทุกครั้ง

จะต้องทำการสร้างที่ตั้งใหม่บนฝั่ง server จากนั้นเปิดตัวจัดการที่ตั้งจาก
แฟ้ม > จัดการที่อยู่

แล้วเลือกไปยังแท็บ ขั้นสูง

กดปุ่ม Ask for action เลือกค่า Default local directory ที่ต้องการให้แฟ้มตั้งต้นในฝั่ง client ที่ให้ Filezilla จดจำสำหรับเว็บไซต์นั้นๆ
กดปุ่ม ตกลง เพื่อยอมรับค่าที่กำหนดไว้

บางองค์กรยังคงใช้ Windows 2000 หรือแม้แต่ Windows 98 ในการใช้งาน ซึ่งปัจจุบัน Filezilla ไม่ได้ซัพพอร์ต Windows 95, 98, ME, NT4 และ 2000 แล้ว จะต้องติดตั้งบน Windows XP หรือสูงกว่าเท่านั้น

Active mode กับ Passive mode มีความแตกต่างกันตรงที่ “ใครเป็นผู้ส่งข้อมูล IP Address” ซึ่ง IP Address ก็คือชุดตัวเลขระบุที่อยู่ของเครื่องคอมพิวเตอร์นั้นๆ ในเครือข่ายอินเตอร์เน็ต

Active mode นั้น เครื่อง client ซึ่งจะส่ง IP Address ไปยังเครื่อง remote server
ส่วน Passive mode นั้น เครื่อง remote server จะทำการส่ง IP Address ของตัวเองมายังเครื่อง client

ในด้านความแตกต่างกันในทางใช้งาน แนะนำ Passive mode (ซึ่งเป็นค่าปริยายของ Filezilla) เพราะหากว่าเครื่อง client มี firewall หรือ router เป็นตัวกั้นระหว่างการเชื่อมต่ออินเตอร์เน็ต
จะทำให้ Active mode ไม่สามารถส่งเลข IP Address ไปยังเครื่อง remote server ได้ เพราะติดอุปกรณ์ดังกล่าว

ระบบ Binary นั้นจะถ่ายโอนข้อมูลตามตรง เหมาะสำหรับไฟล์ทุกชนิด ส่วนแบบ ASCII นั้นจะถ่ายโอนข้อมูล โดยคำนึงถึงความแตกต่างของระบบ เนื่องจาก Windows มีการตัดบรรทัดเพื่อขึ้นบรรทัดใหม่ด้วยรหัส rn ส่วน Linux และ Mac ตัดด้วยรหัส n ทำให้เมื่อรับแฟ้มจาก Linux และ Mac แล้วพอไปอ่านบน Windows บางครั้งอาจจะไม่มีการตัดบรรทัดขึ้นบรรทัดใหม่ให้ ถ้าส่งไฟล์แบบ mode ASCII ระบบจะแก้ไขปัญหาตรงนี้ให้อัตโนมัติซึ่งถือเป็นข้อดี แต่ข้อเสีย คือ หากใช้ mode ASCII ถ่ายโอนไฟล์ชนิดอื่นๆ อาจทำให้เปิดไม่ได้

เพื่อความปลอดภัย ในบางครั้งการอัพโหลดไฟล์ไปยังเซิร์ฟเวอร์บางครั้งจำเป็นต้องแก้ไขสิทธิ์ (permission) ให้กับไฟล์ที่ทำการอัพโหลดขึ้นไป การกำหนด permission ให้กับไฟล์ทำได้โดยคลิกขวาของไฟล์บน server แล้วเลือก Change permission จากนั้นจะปรากฎหน้าต่างให้ระบุสิทธิ โดยสามารถระบุเป็นตัวเลขได้ที่ช่องด้านล่างสุดในหน้านั้น

ในการ upload / download ไฟล์บางครั้งก็จำเป็นต้องจำกัดปริมาณในการถ่ายโอนข้อมูลเพราะ internet ที่ใช้งานอยู่อาจแชร์การใช้งานอยู่กับผู้อื่น โปรแกรมของเราอาจไปรบกวนการใช้งาน internet ของคนอื่นจนไม่สามารถทำงานได้เพราะ bandwidth ส่วนใหญ่ถูกใช้ไปกับการ upload / download งานของเรา ส่วนขั้นตอนการตั้งค่าดังกล่าว สามารถทำได้ดังนี้

1.ไปที่เมนู แก้ไข
2.ไปที่ การตั้งค่า ….

3.ในส่วนของ การรับส่งข้อมูล เราสามารถจำกัด bandwidth ได้
3.1 จำกัด bandwidth การรับข้อมูลที่ “จำกัดการรับข้อมูล”
3.2 จำกัด bandwidth การส่งข้อมูลที่ “Upload limit”